在我国快速城市化和工业化进程中，农用地转用成为推动经济发展的重要手段。然而，这一过程中涉及的农用地使用权能限制问题，既关乎国家粮食安全，也影响土地资源的合理配置。在现行法律框架下，农用地转用受到严格管控，但实践中仍面临诸多挑战。

首先，法律框架为农用地转用设置了多重限制。根据《土地管理法》，农用地转为建设用地须经过严格的审批程序，包括县级以上人民政府的审核和国务院的批准。此外，土地利用总体规划和年度计划也对农用地转用进行约束，确保其符合国家整体发展战略和土地利用效率。然而，法律也规定了例外情形，如因公共利益需要，可以依法征收农用地，这在一定程度上为地方政府提供了灵活操作的空间。

其次，农用地使用权能在转用过程中受到严格限制。根据《农村土地承包法》，农用地承包经营权在转用时需依法保护农民的合法权益，包括合理的补偿和安置措施。然而，在实际操作中，农民的参与权和知情权往往未能得到充分保障，导致利益冲突和社会矛盾。

在实践中，农用地转用面临的挑战主要体现在以下几个方面。其一，审批程序复杂且周期长，导致项目推进缓慢，影响地方经济发展。其二，地方政府在土地财政压力下，可能通过各种手段规避法律限制，造成农用地过度转用和耕地资源流失。其三，农民权益保障不足，导致征地纠纷频发，影响社会稳定。

此外，法律执行中的监督机制不健全也是一大问题。尽管法律规定了严格的处罚措施，但在实际操作中，违规行为往往得不到及时有效的查处，削弱了法律的威慑力。

总结而言，农用地转用中的使用权能限制在法律框架内得到了较为明确的规定，但在实践过程中，审批复杂、地方违规操作、农民权益保障不足等问题依然突出。要解决这些问题，需进一步完善法律制度，加强监督执法，确保农用地转用合法合规，实现经济发展与耕地保护的双赢目标。这不仅需要立法机关和行政部门的共同努力，也需要社会各界的广泛参与和监督。